En ekspedisjon til Grønland på jakt etter en drage fører Arnt til en gammel rull som inneholder ledetråder til et fantastisk mysterium. Når resten av familien Nekton blir fanget av dragen er det opp til Arnt og Jesper å redde dem. Og Jesper, han er en fisk.

Piratene på Orcaen angriper! De tror at familien Nekton har en sjelden skatt om bord i Arronax. Med pirater på den ene siden og en undersjøisk vulkan på den andre, må familien Nekton tenke kreativt for å komme seg unna.

En kunstig intelligens, "E.M.M.A.", som er programmert til å styre Arronax og beskytte familien Nekton prøver å hindre dem i å redde kajakkpadleren Matilde som har problemer i en storm. Når de prøver å skru henne av tar hun over styringen for å beskytte dem fra seg selv.

Willy og Arnt prøver å redde en mistet gjenstand på det dypeste stedet i havet, men gjenstanden viser seg å være noe annet enn hva de har blitt fortalt. De har blitt lurt! Samtidig befinner det seg en blindpassasjer på Arronax som prøver å ta over kontrollen.

Stjeler romvesener ting fra en japansk øy og tar de med seg under vann? Arnt mener at dette er fult mulig. Familien Nekton reiser til øya for å undersøke saken og oppdager noe som er enda farligere. Klarer de å unnslippe?

Noen har stjålet den mest sjeldne skilpadden i hele verden og familien Nekton prøver å få den tilbake. De går rett inn i en felle når mannen som i all hemmelighet stjal skilpadden ønsker også å fange dem. Hvordan skal de redde skilpadden Jim når de er fanget selv?

Kaptein Hammerhode har fanget familien Nekton og stengt dem inne i Orcaen. Den gamle rustne piratskuta hans er i ferd med å synke men Arronax og Nekton kan redde alle sammen. Da må kaptein Hammerhode løslate familien Nekton, og det er ikke helt hans stil.

For å finne en del av den mystiske Effemykron må familien Nekton kjempe seg gjennom virvelstrømmer, steder med null sikt og gigantiske robotbrennmaneter. Er det Nereus som utsetter dem for dette? Hvis ikke, hvem er det da som står bak alle disse hindringene?

Enorme forhistoriske krokodiller lever fortsatt i et underjordisk hulesystem som familien Nekton utforsker. Det var nok ikke så lurt av Arnt å bli venn med den unge krokodillen. Krokodillemammaen liker ikke fremmede rundt ungene sine og nå er hun etter dem!

Arnt og Fanni leter etter kjempeblekksprut, en av de mest sjeldne skapningene i havet som viser seg å være smartere og farligere enn antatt. Vil Arronax tåle trykket når den blir dratt dypere og dypere ned mot havets bunn?

Verdens meste populære sjøeventyrer, Djerv "Monsterjegeren" Danielsen, jakter på et sjødyr som han mener er en trussel. Familien Nekton er derimot ikke enige og ønsker å beskytte skapningen. For å gjøre saken enda verre er publikum på monsterjegerens side.

Kan det være en spøkelsesubåt som hjemsøker havets dyp? Arnt er helt sikker på at det er tilfelle, men når han faktisk finner denne spøkelsesubåten blir det hele enda merkeligere og mye mer farlig.

Når de dykker i et sjeldent blått hull, et synkehull midt ute i det åpne havet, begynner merkelige ting å skje med familien Nekton. De begynner å se ting som ikke eksisterer.

Arnt og Fanni er helt sikre på at de kan klare å håndtere noen unge medlemmer fra Nektonklubben som kommer på besøk til Arronax. Når de må redde en hvalunge i nød avhenger oppdraget av at de selv, sammen med de energifulle barna, må jobbe sammen.

Dolos har solgt to identiske kart som leder til den samme skatten. Et kart til familien Nekton og ett kart til kaptein Hammerhode og hans pirater. Nå gjelder det å komme først til skatten og den som ønsker vinne blir nødt til å bruke alle de skitne triksene i boka.

Familien Nekton utforsker en mystisk tunnel som ligger bak verdens største undersjøiske fossefall. De blir møtt av mystiske skapninger og sterke strømmer rundt hvert eneste hjørne og ting er ikke helt som de ser ut som.

Familien Nekton blir arrestert av verdenshavsstyrelsen for tyveri. Arnt og Fanni rømmer for å kunne bevise sin uskyld, men den som har lurt dem er allerede to skritt foran. Det vil ikke bli enkelt å bevise at de er uskyldige når de har en spion om bord i Arronax.

Fanni og Finn blir fanget inne i en gigantisk musling mens piratene fra Orcaen og resten av familien Nekton kjemper om perlen som ligger inne i den. Luften blir tynn og tiden er knapp. Kan piratene og familien Nekton samarbeide for å redde dem?

Proteus, lederen for de mystiske vokterne fanger Arronax i et magnetisk felt og bortfører Arnt. Han tror at Arnt er nøkkelen til å finne det tapte Lemuria. Arnt har derimot ingen planer om å hjelpe Proteus. Han vil heller hindre ham, og hjelpe familien sin.

Djerv "Monsterjegeren" Danielsen tror han jakter på en Sirene, en mystisk skapning som lokker sjømenn til deres undergang med sin sang. Når familien Nekton oppdager at det ikke er en Sirene, men en sjelden hval med en unik lyd drar de umiddelbart avgårde for å prøve å redde den.

Kan en fisk virkelig være ansvarlig for å senke båten til Dolos og Arronax? Fanni mener det og at den også har invadert hjemmet til Jesper på Arronax. Hvordan kan hun bli kvitt ulykkesfisken?

Roveren blir slukt av en enorm, angivelig utdødd forhistorisk hai; en Megalodon! Willy og Fanni klarer akkurat å klamre seg fast til gjellene dens rett innenfor munnen. Kaja og Arnt jobber på spreng for å få de ut derfra. De kan ikke holde seg fast til evig tid!

Familien Nekton forsøker å identifisere en unik livsform. De har aldri sett den før, men de har hørt lyden den lager; "Bloop".

En merkelig glødende fisk har lokket til seg all annen fisk i området. Når Kaja og Willy også blir hypnotisert av fiskens lys må Arnt og Fanni redde foreldrene sine med bind for øynene for ikke å bli hypnotisert selv.

Når de kjemper om en vikingskatt overtar familien Nekton Orcaen og kaptein Hammerhode og piratene overtar Arronax. Ingen av partene er spesielt fornøyde med å ha fremmede i ubåtene sine, men ingen av dem er villige til å gi seg heller.

Familien Nekton utforsker en flytende øy og oppdager den siste delen av Effemykron i en hule. Arnt setter delene sammen, og det virker! Kanskje de endelig kan finne Lemuria! Men hvorfor beveger denne øya seg? Hva er dens hemmelighet?